Hiroshima mit dem Museum ist m.M. ein Must See, packt aber Taschentücher ein, fand es damals schon echt traurig. Von dort kann man auch gut zur Insel Miyajima mit dem Torii, das bei Flut im Wasser steht. Osaka mit dem Osaka-Castle ist auch sehr schön und auch der Goldene Pavillon in Kyoto oder der Park in Nara. Eigentlich findet man überall in Japan schöne Stellen. Am besten besorgt ihr euch den Japan Railway Pass, damit kann man durch ganz Japan mit der Bahn reisen.
Hotels kann ich dir jetzt nicht empfehlen, dafür ist es schon zu lange her, dass ich das letzte Mal da war und damals hatten meine Eltern noch alles organisiert, haben aber viel in Hostels oder Guesthouses gewohnt, weil Japan doch sehr teuer ist bzw. damals war.